Sora, Dingo et Donald, après avoir scellé la Serrure du Kingdom Hearts se retrouvent au point de départ, toujours à la recherche du Roi et des amis de Sora. Ils savent juste que le Roi et Riku se sont retrouvés enfermés derrière la Porte et que Kairi est retournée sur l'île du Destin et attend le retour de nos héros. Les 3 comperses vont donc repartir à l'aventure, parcourant de nouveaux mondes tout aussi fabuleux et aussi retourner sur d'anciens mondes tels que Agrabah et le Colisée afin d'obtenir des informations. Mais ils seront toujours confrontés aux terribles Sans-coeurs "dirigés" maintenant par le "Treizième Ordre", une organisation composés d'individus très mystérieux. Sora fera également la rencontre de nouveaux personnages tels que Roxas, maniant lui aussi la Keyblade. Qui est-il? Qui est vraiment le "Treizième Ordre" et quelles sont leurs réelles intentions?....